Он погиб в бою в небе над Кубанью в апреле 1943 года. Летчика похоронили с надлежащими почестями на аллее героев городского кладбища рядом с его однополчанином Михаилом Чуносовым. Это стало возможным благодаря работе поисковиков и липецкого священника, отца Ильи Азарина. Во время изучения архивов он нашел информацию о месте падения самолета 402-го истребительного полка и обнаружении останков пилота. Так как в этом полку воевали в основном наши летчики, а липецкий авиацентр является его правопреемником, священник связался с кубанскими поисковиками. Останки Василия Пустошкина передали липчанам в декабре. До мая их хранили в храме, расположенном на территории Военного городка. Как выяснилось, пилот родом из Брянска. Найти его родственников не удалось. Известно лишь, что 27-летний летчик погиб в своем первом бою. Всего же в годы Великой Отечественной войны в небе над Кубанью погиб 81 пилот 402-го истребительного полка.