Яков Никитович Пирогов родился в 1913 году в Краснодарском крае. С 17 лет он работал в паровозном депо на Северо-Кавказской железной дороге. После окончания Ставропольского педагогического института его направили в высшую школу НКВД на годичные курсы. До войны Яков Никитович работал следователем в Белоруссии.
В ходе Великой Отечественной войны Пирогов принимал участие в боевых действиях в составе контрразведки СМЕРШ. В наградных документах значится, что Яков Никитович провел значительное количество следственных дел по шпионам и изменникам, пытавшимся проводить вражескую работу в частях армии. Особо Пирогов отличился при выполнении боевых задач по разгрому немецких войск под Сталинградом.
После войны Яков Никитович работал в следственном отделе Управления контрразведки СМЕРШ Центральной группы войск в Австрии. В Управлении КГБ по Липецкой области он проходил службу с 1954 по 1960 год в должности начальника отдела.
За годы Великой Отечественной войны Пирогов был награжден Орденами Отечественной войны I и II степени, Красной Звезды (дважды), медалями «За Отвагу», «За оборону Сталинграда» и другими почетными знаками отличия.
